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雙(叔丁基二甲基硅基)-反式-鈣泊三醇分子中含有兩個(gè)叔丁基二甲基硅基（TBDMS）基團(tuán)，這兩個(gè)硅基通過(guò)硅氧鍵與分子的其他部分相連。硅基保護(hù)基團(tuán)的存在增加了分子的空間位阻，對(duì)分子中受保護(hù)的羥基等官能團(tuán)起到了良好的保護(hù)作用，使其在復(fù)雜的化學(xué)反應(yīng)環(huán)境中能夠保持相對(duì)穩(wěn)定，避免不必要的副反應(yīng)發(fā)生。
雙(叔丁基二甲基硅基)-反式-鈣泊三醇具有反式結(jié)構(gòu)，這種構(gòu)型使得分子在空間上具有特定的取向和形狀，與順式異構(gòu)體相比，反式構(gòu)型通常具有更好的熱力學(xué)穩(wěn)定性，并且在與生物靶點(diǎn)或其他化學(xué)物質(zhì)相互作用時(shí)，能夠呈現(xiàn)出獨(dú)特的立體化學(xué)效應(yīng)，影響其生物活性和化學(xué)反應(yīng)性。
基于維生素 D3 的基本骨架結(jié)構(gòu)，保留了維生素 D3 的甾體母核和側(cè)鏈的基本框架，這使得雙 (叔丁基二甲基硅基)- 反式 - 鈣泊三醇具有與維生素 D3 類化合物相似的一些化學(xué)性質(zhì)和生物活性潛力，是其能夠作為鈣泊三醇合成中間體以及具有潛在生物活性的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。